vineri, 16 noiembrie 2012

Instalarea limbajului R și a interfețelor grafice JGR și Deducer în Ubuntu

Un ghid pas-cu-pas despre cum să instalezi limbajul R, dar și interfețele grafice ale acestuia JGR și Deducer în Ubuntu și alte distribuții Linux derivate din acest sistem de operare. (vezi versiunea în engleză / read English version)

Actualizat pentru Ubuntu 16.04.1 LTS (Xenial Xerus)

Combinația GNU R, JGR și Deducer reprezintă o alternativă puternică și gratuită la toate programele statistice comerciale, cum ar fi, de exemplu, SPSS. Împreună, acestea oferă o varietate mare de metode statistice și de reprezentare grafică a datelor, îmbinate cu meniuri și dialoguri grafice intuitive care ghidează eficient utilizatorul prin procesul de manipulare și analiză a datelor.

Pentru a instala software-ul R, JGR și Deducer în Ubuntu, dar și în alte distribuții Linux dezvoltate în baza acestuia, urmează pașii descriși mai jos.

1. Instalează cea mai recentă versiune a lui R

Pentru a putea instala cele mai noi pachete pentru R, adaugă în fișierul /etc/apt/sources.list URL-ul repozitoriului pentru Ubuntu din arhivele CRAN (selectează o oglindă CRAN care este geografic mai apropiată de tine). Execută în terminal:

sudo editor /etc/apt/sources.list

și adaugă la sfârșitul fișierului (înlocuind codename cu denumirea scurtă a versiunii Ubuntu instalat pe calculatorul tău. De exemplu, pentru Ubuntu 16.04 aceasta este `xenial`, de la Xenial Xerus):

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu codename/

Adaugă cheia de securitate pentru repositoriul Ubuntu din arhivele CRAN (execută în terminal):

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

Instalează R (execută în terminal):

sudo apt update
sudo apt install -y r-base-dev

Pentru a evita mai târziu niște erori:


sudo apt-get install libglu1-mesa-dev libxml2-dev

Dacă rețeaua ta este în spatele unui proxy/firewall, nu vei putea instala și împrospăta direct pachetele R. Pentru a rezolva această problemă, trebuie să adaugi în unul din fișierele /etc/R/Rprofile.site sau ~/.Rprofile următoarele linii (înlocuindu-le cu numele tău de utilizator, parolă, server proxy și port):

local({
Sys.setenv(http_proxy="http://username:password@tcdproxy.tcd.ie:8080")
})

Ține minte că partea username:password@ este necesară doar dacă serverul proxy cere autentificare.

Pentru mine liniile adăugate au fost:

local({
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.1.254:3128/")
})

Adăugarea lui http_proxy=http://192.168.1.254:3128/ în fișierul ~/.Renviron va funcționa la fel.

2. Instalează și activează suportul Java pentru R

Află care este și instalează ultima versiune a pachetului openjdk (execută în terminal):

apt-cache show openjdk-*-jdk | grep Package | tail -1 | cut -d ' ' -f2

La momentul actualizării acestor instrucțiuni ultima versiune a pachetului openjdk pentru Ubuntu 16.04.1 este `openjdk-9-jdk`. Dat fiind faptul că această versiune generează o serie de erori în procesul de instalare a limbajului R, recomandăm instalarea versiunii 8.

sudo apt install -y openjdk-8-jdk 

sudo R CMD javareconf

3. Instalează JGR și Deducer cu pachetele suplimentare (opțional) DeducerExtras și DeducerRichOutput (alte extensii pentru Deducer vezi în manualul online)

Execută în terminal:

sudo R --no-save

(În caz că instalați limbajul R și pachetele JGR și Deducer în mediul Ubuntu LTSP, pentru a evita producerea unor erori de instalare, instalați mai întâi pachetul xvfb cu comanda apt install xvfb, după care executați comanda de mai sus astfel: sudo xvfb-run R --no-save). P.S. Dacă nu înțelegeți despre ce este vorba, săriți peste acest comentariu.

Execută în mediul R:

install.packages(c('JGR', 'Deducer', 'DeducerExtras'), repos = 'http://cran.r-project.org')
install.packages('DeducerRichOutput', repos = 'http://R-Forge.R-Project.org')
install.packages('XLConnect', repos = 'http://cran.r-project.org') ## pentru a putea importa fișiere Excel

P.S. Dacă aveți deja instalat de ceva vreme limbajul R, pentru actualizarea pachetelor instalate executați în terminal:

sudo apt update
sudo apt upgrade -y 
sudo R --no-save
update.packages(ask=FALSE, repos = 'http://cran.r-project.org')
q() 

4. Adaugă o intrare în meniu pentru JGR

Execută în mediul R (lansat în pasul precedent):

library(JGR) 
 
Dacă aveți instalat Ubuntu pe 64 de biți și este afișată eroarea `Error: package ‘rJava’ could not be loaded`, executați în terminal următoarea comandă:

sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/R/lib/libjvm.so
 
JGR()
q()

Penultima comandă va afișa codul de lansare pentru JGR. Crează un fișier pentru lansatorul aplicației și copiază în el codul afișat:

sudo editor /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run

Salvează lansatorul (cu Ctrl+X) și fă-l fișier executabil:

sudo chmod +x /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run 


Închide programul JGR (dacă este lansat).


Descarcă o imagine pentru lansatorul JGR (execută în terminal):

sudo wget http://goo.gl/U5hk9 -O /usr/share/icons/jgr-48x48.jpg

Crează un fișier .desktop pentru intrarea de meniu JGR. Pentru aceasta execută în terminal:

sudo editor /usr/share/applications/jgr.desktop

și copiază/inserează conținutul de mai jos:

[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=false
Name=JGR - Java Gui for R
Exec=/usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run
Icon=/usr/share/icons/jgr-48x48.jpg
Comment=Java Gui for R
Categories=Science;Education;

Salvează fișierul creat cu Ctrl+X.

5. Setează JGR pentru încărcarea automată a pachetelor Deducer, DeducerExtras și DeducerRichOutput

Lansează JGR din contul tău (meniul Applications > Sciense > JGR - Java GUI for R), deschide meniul Packages & Data > Package Manager, selectează (bifează) load și default în drept cu pachetele Deducer, DeducerExtras și DeducerRichOutput, apasă cu șoricelul (mouse-ul) pe butonul Close.

Selectează suplimentar și pachetul e1071 pentru a putea calcula coeficienții de simetrie (skewness) și boltire (kurtosis).

Vezi versiunea în engleză / read English version: How to install R, JGR and Deducer in Ubuntu