vineri, 16 noiembrie 2012

Instalarea limbajului R și a interfețelor grafice JGR și Deducer în Ubuntu

Un ghid pas-cu-pas despre cum să instalezi limbajul R, dar și interfețele grafice ale acestuia JGR și Deducer în Ubuntu și alte distribuții Linux derivate din acesta. (vezi versiunea în engleză / read English version)

Actualizat pentru Ubuntu 16.04.1 LTS (Xenial Xerus)

Combinația GNU R, JGR și Deducer reprezintă o alternativă puternică și gratuită la toate programele statistice comerciale, cum ar fi, de exemplu, SPSS. Împreună, acestea oferă o varietate mare de metode statistice și de reprezentare grafică a datelor, îmbinate cu meniuri și dialoguri grafice intuitive care ghidează eficient utilizatorul prin procesul de manipulare și analiză a datelor.

Pentru a instala software-ul R, JGR și Deducer în Ubuntu, dar și în alte distribuții Linux dezvoltate în baza acestuia, urmează pașii descriși mai jos.

1. Instalează cea mai recentă versiune a lui R

Pentru a putea instala cele mai noi pachete pentru R, adaugă în fișierul /etc/apt/sources.list URL-ul repozitoriului pentru Ubuntu din arhivele CRAN (selectează o oglindă CRAN care este geografic mai apropiată de tine). Execută în terminal:

sudo editor /etc/apt/sources.list

și adaugă la sfârșitul fișierului (înlocuind codename cu denumirea scurtă a versiunii Ubuntu instalat pe calculatorul tău. De exemplu, pentru Ubuntu 16.04 aceasta este `xenial`, de la Xenial Xerus):

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu codename/

Adaugă cheia de securitate pentru repositoriul Ubuntu din arhivele CRAN (execută în terminal):

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

Instalează R (execută în terminal):

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y r-base-dev

Pentru a evita mai târziu niște erori:


sudo apt-get install libglu1-mesa-dev libxml2-dev

Dacă rețeaua ta este în spatele unui proxy/firewall, nu vei putea instala și împrospăta direct pachetele R. Pentru a rezolva această problemă, trebuie să adaugi în unul din fișierele /etc/R/Rprofile.site sau ~/.Rprofile următoarele linii (înlocuindu-le cu numele tău de utilizator, parolă, server proxy și port):

local({
Sys.setenv(http_proxy="http://username:password@tcdproxy.tcd.ie:8080")
})

Ține minte că partea username:password@ este necesară doar dacă serverul proxy cere autentificare.

Pentru mine liniile adăugate au fost:

local({
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.1.254:3128/")
})

Adăugarea lui http_proxy=http://192.168.1.254:3128/ în fișierul ~/.Renviron va funcționa la fel.

2. Instalează și activează suportul Java pentru R

Află care este și instalează ultima versiune a pachetului openjdk (execută în terminal):

apt-cache show openjdk-*-jdk | grep Package | tail -1 | cut -d ' ' -f2

Rezultatul afișat îl adăugăm la comanda de mai jos, îndată după opțiunea `-y`:

Important! La momentul actualizării acestor instrucțiuni ultima versiune a pachetului openjdk pentru Ubuntu 16.04.1 este `openjdk-9-jdk`. Dat fiind faptul că această versiune generează o serie de erori în procesul de instalare a limbajului R, recomandăm instalarea versiunii precedente, adică `openjdk-8-jdk`.

sudo apt-get install -y openjdk-8-jdk 

sudo R CMD javareconf

3. Instalează JGR și Deducer cu pachetele suplimentare (opțional) DeducerExtras și DeducerRichOutput (alte extensii pentru Deducer vezi în manualul online)

Execută în terminal:

sudo R --no-save

Execută în mediul R:

update.packages(ask=FALSE, repos = 'http://cran.r-project.org')
install.packages(c('JGR', 'Deducer', 'DeducerExtras'), repos = 'http://cran.r-project.org')
install.packages('DeducerRichOutput', repos = 'http://R-Forge.R-Project.org')
install.packages('XLConnect', repos = 'http://cran.r-project.org') ## pentru a putea importa fișiere Excel

4. Adaugă o intrare în meniu pentru JGR

Execută în mediul R (lansat în pasul precedent):

library(JGR) 
 
Dacă aveți instalat Ubuntu pe 64 de biți și este afișată eroarea `Error: package ‘rJava’ could not be loaded`, executați în terminal următoarea comandă:

sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/R/lib/libjvm.so
 
JGR()
q()

Penultima comandă va afișa codul de lansare pentru JGR. Crează un fișier pentru lansatorul aplicației și copiază în el codul afișat:

sudo editor /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run

Salvează lansatorul (cu Ctrl+X) și fă-l fișier executabil:

sudo chmod +x /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run 


Închide programul JGR (dacă este lansat).


Descarcă o imagine pentru lansatorul JGR (execută în terminal):

sudo wget http://goo.gl/U5hk9 -O /usr/share/icons/jgr-48x48.jpg

Crează un fișier .desktop pentru intrarea de meniu JGR. Pentru aceasta execută în terminal:

sudo editor /usr/share/applications/jgr.desktop

și copiază/inserează conținutul de mai jos:

[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=false
Name=JGR - Java Gui for R
Exec=/usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run
Icon=/usr/share/icons/jgr-48x48.jpg
Comment=Java Gui for R
Categories=Science;Education;

Salvează fișierul creat cu Ctrl+X.

5. Setează JGR pentru încărcarea automată a pachetelor Deducer, DeducerExtras și DeducerRichOutput

Lansează JGR din contul tău (meniul Applications > Sciense > JGR - Java GUI for R), deschide meniul Packages & Data > Package Manager, selectează (bifează) load și default în drept cu pachetele Deducer, DeducerExtras și DeducerRichOutput, apasă cu șoricelul (mouse-ul) pe butonul Close.

Selectează suplimentar și pachetul e1071 pentru a putea calcula coeficienții de simetrie (skewness) și boltire (kurtosis).

Vezi versiunea în engleză / read English version: How to install R, JGR and Deducer in Ubuntu