Instalarea limbajului R și a interfețelor grafice JGR și Deducer în SolydX Linux

Un ghid pas-cu-pas despre cum să instalezi limbajul R, dar și interfețele grafice ale acestuia JGR și Deducer, în SolydX Linux (versiunea 201306, 32 biți), bazată pe Debian (versiunea de testare?).

Combinația GNU R, JGR și Deducer reprezintă o alternativă puternică și gratuită la toate programele statistice comerciale, cum ar fi, de exemplu, SPSS. Împreună, acestea oferă o varietate mare de metode statistice și de reprezentare grafică a datelor, îmbinate cu meniuri și dialoguri grafice intuitive care ghidează eficient utilizatorul prin procesul de manipulare și analiză a datelor.

Pentru a instala aplicațiile R, JGR și Deducer în SolydX (posibil și în Debian, versiunile de testare și cea stabilă) urmează pașii descriși mai jos.

1. Instalează cea mai recentă versiune a lui R

Pentru a putea instala cele mai noi pachete pentru R, adaugă în fișierul /etc/apt/sources.list URL-ul repozitoriului pentru Debian Wheezy (versiunea stabilă a lui Debian) din arhivele CRAN (selectează o oglindă CRAN care este geografic mai apropiată de tine). Execută în terminal:

sudo editor /etc/apt/sources.list

și adaugă la sfârșitul fișierului:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/debian wheezy-cran3/

Adaugă cheia de securitate pentru repositoriul Debian din arhivele CRAN (execută în terminal):

apt-key adv --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key 381BA480

Instalează limbajul R (execută în terminal):

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base-dev

Dacă rețeaua ta este în spatele unui proxy/firewall, nu vei putea instala și împrospăta direct pachetele R. Pentru a rezolva această problemă, trebuie să adaugi în unul din fișierele /etc/R/Rprofile.site sau ~/.Rprofile următoarele linii (înlocuindu-le cu numele tău de utilizator, parolă, server proxy și port):

local({
Sys.setenv(http_proxy="http://username:password@tcdproxy.tcd.ie:8080")
})

Ține minte că partea username:password@ este necesară doar dacă serverul proxy cere autentificare.

Pentru mine liniile adăugate au fost:

local({
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.1.254:3128/")
})

Adăugarea lui http_proxy=http://192.168.1.254:3128/ în fișierul ~/.Renviron va funcționa la fel.

2. (Instalează și) activează suportul Java pentru R

Execută în terminal:

#sudo apt-get install -y openjdk-7-jdk ## În SolydX este deja instalat
sudo R CMD javareconf

3. Instalează JGR și Deducer cu pachetele suplimentare (opțional) DeducerExtras și DeducerRichOutput (alte extensii pentru Deducer vezi în manualul online)

Execută în terminal:

sudo R --no-save

Execută în mediul R:

update.packages(ask=FALSE, repos = 'http://cran.r-project.org')
install.packages(c('JGR', 'Deducer', 'DeducerExtras'), repos = 'http://cran.r-project.org')
install.packages('DeducerRichOutput', repos = 'http://R-Forge.R-Project.org')
install.packages('XLConnect', repos = 'http://cran.r-project.org') ## pentru a putea importa fișiere Excel

4. Adaugă o intrare în meniu pentru JGR

Execută în mediul R (lansat în pasul precedent):

library(JGR)
JGR()
q()

Aceasta va crea un lansator de program pentru JGR.

Închide programul JGR (dacă este lansat).

Descarcă o imagine pentru lansatorul JGR (execută în terminal):

sudo wget http://goo.gl/U5hk9 -O /usr/share/icons/jgr-48x48.jpg

Crează un fișier .desktop pentru intrarea de meniu JGR. Pentru aceasta execută în terminal:

sudo editor /usr/share/applications/jgr.desktop

și copiază/inserează conținutul de mai jos:

[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=false
Name=JGR - Java Gui for R
Exec=/usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run
Icon=/usr/share/icons/jgr-48x48.jpg
Comment=Java Gui for R
Categories=Science;Education;

Salvează fișierul creat cu Ctrl+X.

5. Setează JGR pentru auto-lansarea pachetelor Deducer, DeducerExtras și DeducerRichOutput

Lansează JGR din contul tău (meniul Applications > Sciense > JGR - Java GUI for R), deschide meniul Packages & Data > Package Manager, selectează (bifează) load și default în drept cu pachetele Deducer, DeducerExtras și DeducerRichOutput, apasă cu șoricelul (mouse-ul) pe butonul Close.